Стефан Константинов е роден на 02.01.1966 г. в гр. София.

През 1983 г. завършва средното си образование в ПГ”Н.Рилски”, гр. Кюстендил, а през 1989 г. – медицина във ВМИ София (Медицинска академия).

От 1989 г. до 1996 г. работи като лекар в отделението по акушерство и гинекология в МБАЛ ”Н.Василиев”, Кюстендил. През 1995 г. придобива специалност по акушерство и гинекология и до 2002 г. работи като лекар в Тунис.

От 2002 г. до октомври 2010 г. е лекар в отделението по акушерство и гинекология в МБАЛ ”Н.Василиев”, Кюстендил.

От 2005 г. до 2008 г. Константинов е секретар на Районна Колегия на БЛС в Кюстендил, а от 2008 г. до януари 2009 г. - Председател на РК на БЛС Кюстендил.

От началото на 2009 г. до октомври 2010 г. той е зам.-председател на УС на БЛС, член на Съвета на директорите на МБАЛ „Н.Василиев” в Кюстендил.

Постът Министър на здравеопазването Константинов поема на 6 октомври 2010 г. Подава оставка като здравен министър на 16 март 2012 г.

Стефан Константинов е безпартиен, владее английски и френски ези. Женен е с едно дете.